先天性心脏病治疗方法主要有两种：外科手术治疗与内科介入治疗。

　　外科手术治疗为主要治疗方式，适用于各种简单先天性心脏病(如：室间隔缺损、房间隔缺损、动脉导管未闭、肺动脉瓣狭窄等)及复杂先天性心脏病(如：法乐氏四联征、肺动脉闭锁、三尖瓣下移、大动脉转位、肺静脉异位链接、永存动脉干等)。

　　介入治疗为近几年发展起来的一种新型治疗方法，主要适用于动脉导管未闭、房间隔缺损及部分室间隔缺损不合并其他需手术矫正的畸形患儿可考虑行介入治疗。两者的区别主要在于，手术治疗适用范围较广，能根治各种简单、复杂先天性心脏病，但有一定的创伤，术后恢复时间较长，少数病人可能出现心律失常、胸腔、心腔积液等并发症，还会留下手术疤痕影响美观。而介入治疗适用范围较窄，价格较高，但创伤小，术后恢复快，无手术疤痕等。

　　治疗时医生穿刺病人血管(通常取大腿股动脉)，通过特制的直径为2-4毫米的鞘管，在DSA的引导下，将大小合适的封堵器送至病变部位封堵缺损或未闭合的动脉导管，以达到治疗目的。通过临床实践证实，先心病介入封堵具有创伤小、手术时间短(约1小时)、恢复快(术后第二天即可下床)、不需特殊麻醉及体外循环、住院周期短(约1周)等优点。只有当病人年龄小、不能配合手术者才需要全身麻醉。介入封堵术临床常用于房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭等。不适合于严重肺动脉高压已有右向左分流、合并需要外科矫正的畸形、边缘不佳的巨大缺损等。

　　先天性心脏病最佳最佳治疗时间取决于多种因素,其中包括先天畸形的复杂程度、患儿的年龄及体重、全身发育及营养状态等。一般简单先天性心脏，建议满6个月后手术，因为年龄过小，体重偏低，全身发育及营养状态较差，会增加手术风险;年龄过大，心脏会代偿性增大，有的甚至会出现肺动脉压力增高，同样会增加手术难度和手术风险，术后恢复时间也较长。对于合并肺动脉高压、先天畸形严重且影响生长发育、畸形威胁患儿生命、复杂畸形需分期手术者手术越早越好，不受年龄限制。